Генетичний «Ноїв ковчег» врятує 66 000 видів

Міжнародний консорціум, що включає більше 50 інститутів, днями анонсував амбітний проект по збору високоякісних послідовностей геному 66 000 видів хребетних по всій Землі, включаючи ссавців, птахів, рептилій, амфібій і рибу. Спільний проект обійдеться в 600 мільйонів доларів, але і пропорції у нього, так би мовити, біблійні.

Проект геномів хребетних (Vertebrate Genomes Project, VGP) організовує консорціум під назвою Genome 10K, або G10K. Як випливає з назви, ця група спочатку планувала секвенувати геноми не менше 10 000 видів хребетних тварин, але тепер, завдяки величезним успіхам і зниження вартості технологій секвенування генів, G10K, вирішила підняти ставки і секвенувати як самців, так і самок кожного з приблизно 66 000 видів на Землі.

Скільки земних видів можна врятувати, якщо загине 99%?

Творці проекту оголосили про нові цілі під час конференції G10K 2018, яка проводилася в Університеті Рокфеллера в Нью-Йорку. Проект включатиме понад 150 експертів з 50 інститутів та 12 країн.

Разом з оголошенням представили 14 нових високоякісних геномів видів, що представляють всі п’ять класів хребетних, включаючи геноми великий підковоподібної летючої миші, канадської рисі, качконоса, колібрі Анни, папуги какапо (яких залишилося всього 150), черепахи пустелі Гуд, хвостатої червяги (дивною амфібії, схожу на змію) і анабаса. Ці 14 геномів і інші, зібрані в рамках проекту, будуть доступні вченим для цілей дослідження.

VGP — це не просто секвенування геномів тварин. Як і проект генома людини (Human Genome Project), це підприємство визначено здійснить прориви у високоякісному секвенірованії і складанні генома, що призведе до зниження вартості та зменшення помилок. Проект також займеться важливими питаннями в біології і медицині, що відразу ж стане корисно для вивчення еволюції, геноміки та консерваціної біології. Повний каталог хребетних видів Землі міг би послужити захистом від вимирання — як для запобігання вимирання, так і для можливого відновлення видів у майбутньому.

Читайте також  Аномалія Франго

Олівер Райер, співзасновник G10K і директор Інституту консерваційних досліджень при зоопарку Сан-Дієго, каже, що у VGP є потенціал «трансформувати всі сфери біології». Він вважає, що вчені зможуть зрозуміти причини вимирання, а також появі шкідливих мутацій, інбридингу і генетичних вузьких місць. Люди отримають можливість зберегти свою біологічну спадщину.

Коли G10K був запущений 10 років тому, його члени поняття не мали, скільки часу буде потрібно, щоб секвенувати геноми достатньої якості, щоб займатися наукою і це було доступно.

«Я неймовірно схвильований, тому що у нас тепер є всі важелі, щоб зробити все правильно», говорить Девід Хаусслер, співзасновник G10K і директор Інституту геноміки при Каліфорнійському університеті в Санта-Круз. «Тепер у нас немає причин цього не робити».

Для створення високоякісних збірок геному, команда VGP віддає перевагу «довгим записами», ніж коротким, тобто коли технології секвенування виробляють довгі фрагменти генетичних даних. З них простіше було б збирати ДНК-послідовності в цілі хромосоми. Замість того, щоб працювати з головоломкою з мільйонів окремих шматочків, довгі записи приведуть до головоломки з тисяч.

Крім того, вчені будуть утримуватися від об’єднання чоловічих і жіночих хромосом в один геном — звичайна практика, яка призводить до надто великих помилок. Замість цього команда буде збирати як батьківську, так і материнську ДНК окремих особин в процесі фазування. Кожен вид буде збиратися окремо і так, щоб роботу не треба було повторювати в майбутньому.

«Довгоочікувані досягнення в секвенировании дозволяють почати секвенування ДНК буквально de novo (з нуля)», кажуть вчені.

І дійсно, не так давно це коштувало мільйони доларів і вимагало багатьох років для завершення геному навіть однієї тварини. Нові технології секвенірування незабаром дозволять створювати цілий геном за один тиждень, каже Адам Філіппі, представник Асамблеї G10K. В даний час секвенування ДНК нового виду обходиться близько 30 000 доларів.

Читайте також  Як встановити вайбер на комп'ютер і ноутбук

Нові послідовності геномів будуть зберігатися в базі даних Genome Ark («Ковчег»), цифровий відкритої бібліотеці геномів.

Степан Лютий

Обожнюю технології в сучасному світі. Хоча частенько і замислююся над тим, як далеко вони нас заведуть. Не те, щоб я прям і знаюся на ядрах, пікселях, коллайдерах і інших парсеках. Просто приходжу в захват від того, що може в творчому пориві вигадати людський розум.

You may also like...

Залишити відповідь

Ваша e-mail адреса не оприлюднюватиметься. Обов’язкові поля позначені *